Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Jakarta (Balai Litbang Agama Jakarta) merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama. Sebelumnya, lembaga bergerak dalam bidang penelitian dan pengembangan agama ini bernama Balai Penelitian Agama dan Masyarakatan (Balitamas) Jakarta. Lahirnya lembaga penelitian ini berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 14 tahun 1978 Tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan. Pada saat yang bersamaan, berdiri pula dua UPT lainnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 12 tahun 1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan di Semarang dan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 13 tahun 1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Lektur Keagamaan di Makassar.
Terbentuknya Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan (Balitamas) Jakarta melalui Surat Keputsan Menteri Agama di atas, kemudian disusul dengan Surat Keputusan Menteri Agama tentang Pengangkatan Kepala Balai dan dan diambil sumpanya atas namas Drs. Djohan Effendi sebagai Kepala Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan (Balitamas) yang pertama tahun 1978 di Jakarta. Pada saat itulah mulai berfungsi Kantor Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan (Balitamas) Jakarta yang beralamat di Jalan Kramat No. 85 Jakarta Pusat, sekarang menjadi kantor Forum Komunikasi Umat Beragama (FKUB).
Keadaan ini berlangsung sekitar 7 (tujuh) tahun, yakni sejak tahun 1978 sampai tahun 1984. Kemudian pada tahun HM Tamrin No. 6 Lantai IV dan V Jakarta Pusat dan pada tahun 1991 berpindah kantor Jalan Taman Amir Hamzah nomor 34 Jakarta Pusat sampai tahun 2001. Kemudian pada tahun 2002 pindah ke Jalan Stasiun Senen, Jakarta Pusat, sekarang menjadi kantor Dinas Perhubungan (DLLAJ) DKI Jakarta hingga tahun 2006.
Seiring dengan bertambahnya pegawai dan kebutuhan sarana dan prasarana lainnya, maka sejak Juni 2006 Balai Litbang Agama Jakarta menempati gedung sebagai kantor milik sendiri, sebuah bangunan berkontruksi permanan 3 (tiga) dengan luas bangunan 2.000 meter persegi dan luas tanah 3.000 meter persegi di Jalan Rawa Kuning No. 6 Kelurahan Pulogebang Kecamatan Cakung Jakarta Timur.
Di dalam perkembangannya, Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan (Balitamas) Jakarta ini berubah nama menjadi Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Jakarta, sebagai implementasi atas Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 346 tahun 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Jakarta. Dengan diterbitkannya Surat Keputusan Menteri Agama tersebut, maka nomenklatur Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan (Balitamas) Jakarta, Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan di Semarang dan Balai Penelitian Lektur Keagamaan di Makasar menjadi Balai Penelitian dan Pengembangan Agama. Dengan demikian, Keputusan Menteri Agama Nomor 12, 13, dan 14 tahun 1978 di atas tidak berlaku lagi.
Dasar berdirinya Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Jakarta di atas diperkuat dengan persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara melalui Surat Nomor B/749/M.PAN/4/2004 tanggal 28 April 2004 tentang Perubahan Struktur Organisasi dan Tata Kerja Balai Diklat Keagamaan serta Surat Keputusan Presiden Nomor 22 dan 23 tahun 2004 tentang penggunaan nama Balai Penelitian dan Pengembangan Agama mulai efektif digunakan.
Pada awal berdirinya, Sumber Daya Manusia (SDM) Balai Penelitian Agama dan Kemasyarakatan (Balitamas) Jakarta memiliki 6 (enam) orang pegawai, dan pada tahun 1980 bertambah menjadi 8 (delapan) orang pegawai, sehingga berjumlah 14 (empat belas) orang. Penambahan pegawai ini terus berkembanga dari tahun ke tahun. Hingga saat ini, Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Jakarta berjumlah 61 orang, dengan rincian Pejabat Struktural 5 orang, pejabat Fungsional Peneliti 28, Fungsional Litkayasa 2 orang, Fungsional Umum 13 orang dan tenaga Honorer 15 orang.
Sepanjang sejarah berdirinya Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Jakarta dari tahun 1978 hingga sekarang telah dinakodai oleh 13 Kepala Balai sebagai berikut: